与中国船舶重工集团第702研究所“蛟龙号”研究团队在水下搜救领域长期协作攻关，中船702研究所作为参与单位成功合作完成了国家863项目(2006AA09Z210):自治水下机器人故障诊断与容错控制关键技术研究，长三角联合攻关项目(10595812700):具有冗余推进系统的水下机器人故障诊断与容错控制技术，合作出版专著《水下机器人故障诊断与容错控制技术》（国防工业出版社，2012.2），并共同在《International Journal of Control》、《中国造船》等国内外期刊发表多篇论文；作为共同完成单位获2023,2018,2012年度上海市科技进步二等奖3项；共同承办2013年上海市东方科技论坛“深海潜水器关键技术前沿”。与中船重工集团第702研究所“蛟龙号”团队和国家深海基地管理中心有紧密合作，共同合作申报立项国家重点研发计划项目：可变翼形双功能深海无人潜航器（2017YFC0306300），国家自然科学基金-山东省联合基金重点项目：深海载人潜水器故障容错控制与安全自救系统（U1706224）。

另外，本中心还与交通运输部东海航海保障中心、国家深海基地管理中心、上海华龙海洋工程有限公司、常熟海量声学设备科技有限公司、上海剑龙水下机器人科技有限公司、无锡大禹科技有限公司、无锡智海科技有限公司在水下工程检测、AUV产品开发、ROV操作员培训等方面有长期科技合作。